I SA/Gl 915/25

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Monika Krywow-Milczarek, Sędziowie Sędzia WSA Agata Ćwik-Bury, Sędzia WSA Anna Rotter (spr.), Protokolant Nikola Bartosik, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 13 maja 2026 r. sprawy ze skargi B. Sp. z o.o. w K. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach z dnia 29 maja 2025 r. nr 2401-IOD-1.4100.5.2025.19/MK UNP: 2401-25-142110 w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K. z dnia 20 grudnia 2024 r., nr [...]; 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach na rzecz strony skarżącej kwotę 15.140 (piętnaście tysięcy sto czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.

Zaskarżoną decyzją z dnia 29 maja 2025r. nr 2401-IOD-1.4100.5.2025.19/MK UNP: 2401-25-142110 Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Katowicach (dalej: DIAS, organ odwoławczy) po rozpatrzeniu odwołania B sp. z o.o. w K. (dalej: skarżąca, spółka) utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K1. (dalej: Naczelnik, organ pierwszej instancji) z dnia 20 grudnia 2024r. nr [...] określającą skarżącej wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 rok w wysokości 432.223,00 zł. Powyższa decyzja wydana została na podstawie art. 13 § 1 pkt 2 lit. a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. – Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2025r., poz. 111, dalej: o.p.) w zw. z art. 233 § 1 pkt 1 o.p. w zw. z przepisami ustawy z dnia 15 lutego 1992r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz. U. z 2026r., poz. 554 ze zm., dalej: u.p.d.o.p.). Stan sprawy. Dnia 26 marca 2014 r. spółka złożyła w Pierwszym [...] Urzędzie Skarbowym w S., zeznanie CIT-8 o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 r. W zeznaniu tym skarżąca zadeklarowała przychody w kwocie 162.945.512,86 zł, koszty uzyskania przychodów w kwocie 165.846.103,31 zł, stratę w wysokości 2.900.590,45 zł. Na podstawie upoważnienia do kontroli celno - skarbowej z 3 października 2016r., znak: [...] Naczelnik przeprowadził w spółce kontrolę w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za okres od 1 stycznia 2013 r. do 31 grudnia 2013 r. Nieprawidłowości stwierdzone w trakcie przeprowadzonej kontroli celno - skarbowej zostały opisane w wyniku kontroli celno - skarbowej z 16 marca 2022 r., nr [...], doręczonym spółce dnia 28 marca 2022r. Według Naczelnika polegały one na zaniżeniu przez spółkę przychodów ze sprzedaży praw majątkowych (100 % udziałów w kapitale zakładowym Z Sp. z o.o.) o kwotę 5 175 449,99 zł w stosunku do przychodu z tego tytułu przyjętego przez skarżącą w wysokości 1,00 zł. Po przeprowadzeniu postępowania podatkowego decyzją z dnia 20 grudnia 2024r. Naczelnik określił skarżącej wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 rok w wysokości 432.223,00 zł. Na powyższą decyzję spółka wniosła odwołanie. Decyzją z dnia 29 maja 2025r. DIAS utrzymał w mocy decyzje Naczelnika z dnia 20 grudnia 2024r. w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 rok. DIAS wskazał, iż istota sporu niniejszej sprawy koncentruje się wokół problemu czy cena sprzedaży 100 % udziałów w Z Sp. z o.o. za 1 zł jest ceną odbiegającą od warunków rynkowych i powinna wynosić 5.175.450,99 zł i tym samym czy spółka zaniżyła przychody podatkowe o kwotę 5.175.449,99 zł. W zakresie przedawnienia stwierdzono, iż termin płatności podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 r. upływał w 2014 r., zatem ustawowy termin przedawnienia tego zobowiązania przypadał na dzień 31 grudnia 2019 r. Jak wskazano, postanowieniem z 8 listopada 2019 r., sygn. akt [...] Naczelnik wszczął śledztwo w sprawie o przestępstwo skarbowe polegające na podaniu nieprawdy w złożonym w Pierwszym [...] Urzędzie Skarbowym w S. zeznaniu CIT-8 o wysokości osiągniętych przychodów (poniesionej straty) za 2013 r., poprzez zaniżenie przychodów z odpłatnego zbycia udziałów w Z Sp. z o.o. w O., czym narażono podatek dochodowy od osób prawnych za 2013 r. na uszczuplenie w kwocie nie mniejszej niż 2.551 419,00 zł, stanowiącej wielką wartość, tj. o przestępstwo skarbowe z art. 56 § 1 w związku z art. 37 § 1 pkt 1 i art. 38 § 2 1 ustawy z dnia 10 września 1999 r. Kodeks karny skarbowy (j.t. Dz. U. z 2025 r., poz. 633 ze zm., dalej: k.k.s.). Następnie dnia 12 listopada 2019 r. o powyższym zdarzeniu poinformowano Prokuraturę Rejonową S. – [...]. Po czym celem realizacji obowiązku wynikającego z art. 70c o.p. organ pierwszej instancji, pismem z 18 listopada 2019 r., nr [...] (doręczonym skarżącej dnia 20 listopada 2022r.), zawiadomił spółkę o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia ww. zobowiązania podatkowego w związku z wszczęciem ww. postępowania karnego – skarbowego. W trakcie śledztwa wydano postanowienie żądania wydania rzeczy. W dniu 17 czerwca 2021 r. dokonano przeszukania u syndyka masy upadłościowej Z Sp. z o.o. w O. Dwa dni wcześniej, tj. 15 czerwca 2021 r. przeprowadzono także przesłuchanie syndyka. Po czym dnia 29 października 2021 r. prokurator Prokuratury Rejonowej S. – [...] wydał postanowienie o zawieszeniu śledztwa do czasu uzyskania prawomocnej decyzji w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 r. Następnie postanowieniem z 7 kwietnia 2025 r., sygn. akt [...] Prokurator Prokuratury Rejonowej podjął zawieszone śledztwo, a dnia 8 kwietnia 2025r. wydał postanowienie sygn. akt [...] o umorzeniu śledztwa. W ocenie DIAS upływający dnia 31 grudnia 2019 r. termin przedawnienia zobowiązania podatkowego uległ zawieszeniu przed tą datą, tj. 8 listopada 2019 r. Śledztwo zostało zakończone postanowieniem o jego umorzeniu wydanym w dniu 8 kwietnia 2025r., co miało znaczenie w kontekście rozpoczęcia na nowo (po zawieszeniu) biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 7 pkt 1 o.p.). Ponadto Pierwszy [...] Urząd Skarbowy w W., postanowieniem z 13 maja 2025 r., znak; [...] nadał zaskarżonej decyzji Naczelnika z dnia 20 grudnia 2024 r. rygor natychmiastowej wykonalności. Postanowienie to zostało doręczone 28 maja 2025 r. Organ odwoławczy wskazał, iż spełnienie omówionych wyżej ustawowych przesłanek wynikających z art. 70 § 6 pkt 1 o.p., spowodowało, że określone decyzją organu pierwszej instancji zobowiązanie podatkowe za 2013 r. nie uległo przedawnieniu z dniem 31 grudnia 2019 r., co otwiera drogę do merytorycznego rozpatrzenia sprawy. DIAS zwrócił uwagę, iż dnia 31 grudnia 2008 r. dowodem nr [...] spółka zaewidencjonowała na koncie [....] za 2008 r. wartość udziałów w cenie nabycia w wysokości 15.347.593,96 zł. Z kwoty powyższej wyodrębniono koszty bezpośrednie nabycia udziałów w wysokości 14.797.774,96 zł, na które składała się cena zakupu udziałów zapłacona przez D S.A. sprzedającym (udziałowcom Z Sp. z o.o. - osobom fizycznym, będącym pracownikami tej spółki) wraz z kosztami podatków, poświadczenia podpisów itp. oraz wydatki na nabycie nowych udziałów w spółce Z Sp. z o.o., które to spółka zaliczyła w 2013 r. do kosztów uzyskania przychodów. Natomiast, dnia 7 stycznia 2013 r. spółka sprzedała podmiotowi – H Sp. z o.o., w oparciu o przyrzeczoną umowę sprzedaży udziałów, 100 % udziałów w Z Sp. z o.o. za cenę 1 zł, która to stanowiła przychód podatkowy spółki. Po dokonaniu analizy zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego DIAS podzielił stanowisko organu pierwszej instancji, że transakcja sprzedaży 100% udziałów Z Sp. z o.o. na rzecz H Sp. z o.o. za cenę 1 zł znacznie odbiegała od warunków rynkowych. Okazało się bowiem, że Z Sp. z o.o. posiadała na dzień 31 grudnia 2012 r., tj. na dzień bliski dacie dokonania sprzedaży udziałów, która miała miejsce 7 stycznia 2013 r., majątek trwały i obrotowy o znacznej wartości, mający wpływ na wartość rynkową przedmiotowych udziałów. Jak zaznaczono, analiza przedwstępnej umowy sprzedaży udziałów z 4 grudnia 2012 r. oraz przyrzeczonej umowy sprzedaży udziałów z 7 stycznia 2013 r. wykazała, że przedmiotem sprzedaży było 213.070 udziałów (100 %) Z Sp. z o.o. o łącznej wartości nominalnej (stanowiącej kapitał zakładowy sprzedanego podmiotu) 11.567.500,0 zł oraz, że spółka ta na dzień zawarcia ww. umów była właścicielem czterech nieruchomości, tj. w J., O. i dwóch w S1. (w tym trzech nieruchomości zabudowanych budynkami i urządzeniami). Poza tym fakt posiadania przez Z Sp. z o.o. majątku trwałego i obrotowego wynika ze sprawozdania finansowego tej spółki za 2012 r. DIAS podkreślił, iż z przeprowadzonych w okresie od sierpnia 2020 r. do marca 2021r. dowodów z zeznań świadków, w tym osób wchodzących w skład organów D Sp. z o.o., D S.A., H Sp. z o.o. i Z Sp. z o.o., które pełniły swoje funkcje w latach 2012 - 2013, wynika, że cena sprzedaży udziałów w Z Sp. z o.o., określona w przyrzeczonej umowie sprzedaży udziałów z dnia 7 stycznia 2013 r. była znacznie zaniżona i odbiegała od wcześniejszych uzgodnień dokonanych pomiędzy stroną sprzedającą i kupującą. Osoby uczestniczące w negocjacjach lub mające o nich wiedzę, zeznawały, że potencjalna korzyść ze zbycia przedmiotowych udziałów dla spółki wynosiła kilka milionów zł, a punktem wyjścia do ustalenia ceny sprzedaży był majątek Z Sp. z o.o. plus jej potencjał, tj. marka Z minus jej zobowiązania. Ponadto świadkowie potwierdzili, że przed dokonaniem spornej transakcji sprzedaży nie była sporządzana wyceny wartości rynkowej udziałów oraz majątku trwałego Z Sp. z o.o. w udokumentowanej formie przez żadną ze stron transakcji. Jak zaznaczył DIAS, cena zastosowana przez strony tej transakcji odbiegała od wartości rynkowych, ponadto spółka nie dokonała zmiany wartości przedmiotowych udziałów oraz, co ważne, nie wskazała żadnych konstruktywnych przesłanek uzasadniających zastosowanie ceny sprzedaży na poziomie 1 zł – zatem organ pierwszej instancji zobowiązany był w oparciu o art. 14 ust. 3 u.p.d.o.p., określić wartość sprzedanych przez spółkę udziałów z uwzględnieniem opinii biegłego lub biegłych. Według DIAS organ pierwszej instancji zasadnie powołał biegłego, który określił wartość rynkowa udziałów Z Sp. z o.o., w tym wartość rynkową nieruchomości i innych środków trwałych łącznie na kwotę 5.175.450,99 zł. Do powyższej wyceny przyjęto metodę skorygowanych aktywów netto. W kwestii proponowanej przez spółkę metody wyceny przedsiębiorstwa, tj. metody porównywalnych spółek giełdowych, stwierdzono, że polega ona na określeniu wartości badanej spółki na podstawie wyceny porównywalnych firm notowanych na giełdzie lub na podstawie transakcji kupna/sprzedaży podobnych firm na rynku niepublicznym. Tym samym jej zastosowanie w praktyce jest utrudnione z uwagi na fakt, iż wartość rynkowa wielu posiadanych przez wyceniane przedsiębiorstwo akcji bądź udziałów w innych podmiotach gospodarczych nie jest w zasadzie znana, a oparcie wyceny na wskaźnikach spółek, których akcje znajdują się w publicznym obrocie i które cechują się zmiennością wskaźników nie ma nic wspólnego z sytuacją ekonomiczną notowanych przedsiębiorstw, a raczej z koniunkturą giełdową, czy też czystą spekulacją. W przekonaniu DIAS organ pierwszej instancji zasadnie w oparciu o sporządzone przez biegłą dokumenty, stwierdził że wartość rynkowa udziałów na dzień ich sprzedaży powinna wynosić 5.175.450,99 zł, a nie 1 zł i w związku z tym, mając na względzie art. 14 ust.1 u.p.d.o.p. zwiększył przychów przychód o 5.175.449,99 zł (5.175.450,99 zł - 1 zł) . Z uwagi na powyższe zarzuty spółki dotyczące naruszenia art. 14 ust. 1, 2 i 3 u.p.d.o.p. uznano za bezpodstawne. DIAS uznał za niezasadne zarzuty naruszenia art. 120, art. 121 § 1, art. 122, art. 123 i art. 124, oraz art. 190, art. 191, art. 187 § 1 o.p. Skarżąca reprezentowana przez pełnomocnika wniosła na decyzję DIAS skargę do tut. Sądu zaskarżając ją w całości. Zaskarżonej decyzji zarzucono naruszenie: 1) art. 70 § 1 i art. 59 § 1 pkt 9 o.p. poprzez doręczenie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe po upływie okresu przedawnienia, a zatem dotyczącego zobowiązania nieistniejącego z uwagi na jego wygaśnięcie, 2) art. 70 § 1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 o.p. poprzez uznanie, że bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w CIT za 2013 r. został zawieszony w związku z wszczęciem postępowania karnego skarbowego, które zostało wszczęte w sposób intencjonalny, jedynie w celi zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, 3) art. 14 ust. 1, 2 i 3 u.p.d.o.p., art. 191, art. 187 § 1, art. 120 , art. 122 oraz art. 124 o.p. poprzez nieprawidłowe ustalenie, że uzyskana cena sprzedaży przez spółkę 100 % udziałów w Z sp. z o.o. znacznie odbiega od wartości rynkowej tych praw i winna zostać ustalona na kwotę 5.175.450,00 złotych zgodnie ze sporządzoną w toku postępowania podatkowego wyceną przez biegłego oraz nie uwzględnienie w tym zakresie wyjaśnień skarżącej odnośnie wskazania przyczyn ustalenia wartości ceny sprzedaży wskazanej w umowie z dnia 07.01.2013r. zawartej pomiędzy D sp. z o.o. a H sp. z o.o., 4) art. 120 o.p., art. 121 § 1 o.p., art. 122 i art. 124 o.p. poprzez uznanie, że sytuacja majątkowa i finansowa Z sp. z o.o. nie ma wpływu na cenę udziałów w przedmiotowej spółce z uwagi na posiadany przez nią majątek oraz zaniechanie czynności mających na celu ustalenie, iż cena udziałów ustalona w umowie odbiega w sposób znaczący od cen stosowanych w obrocie prawami tego samego rodzaju, a oparcie ustaleń jedynie na opinii biegłego rzeczoznawcy. Spółka wniosła o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji DIAS oraz uchylenie poprzedzającej jej decyzji organu pierwszej instancji z dnia 20 grudnia 2024 r., a także o umorzenie postępowania w sprawie. Wniesiono o zasądzenie kosztów postępowania wraz z kosztami zastępstwa procesowego według norm prawem przepisanych. W uzasadnieniu skargi zwrócono uwagę, iż zaskarżona decyzja została wydana przez DIAS w dniu 29 maja 2025r. i doręczona pełnomocnikowi skarżącej w dniu 9 czerwca 2025r., a zatem po upływie okresu przedawnienia, który minął z dniem 31 maja 2025r. Naczelnik postanowieniem z dnia 13 maja 2025r. nadał decyzji Naczelnika rygor natychmiastowej wykonalności, który był skuteczny od daty doręczenia (tj. od dnia 28 maja 2025r.), niemniej jednak skarżąca nie została poinformowana o zastosowaniu jakiegokolwiek środka egzekucyjnego, a Naczelnik w dniu 13 czerwca 2025r. poinformował jedynie o zaliczeniu na poczet CIT za 2013r. nadwyżki podatku naliczonego nad należnym B sp. z o.o. za marzec 2025r. i zwrocie różnicy po potrąceniu podatku CIT za 2013r. Zdaniem skarżącej doręczenie decyzji po upływie terminu przedawnienia oznacza, że zobowiązanie wygasło z dniem 31 maja 2025 r., a więc wydana decyzja narusza zarówno art. 70 § 1 o.p. jak i art. 59 § 1 pkt 9 o.p. Spółka zarzuciła, iż wszczęcie postępowania karnego skarbowego było determinowane wyłącznie dążeniem do zawieszenia biegu terminu przedawnienia dlatego też jest instrumentalne i niedopuszczalne prawem. Spółka zaakcentowała, iż wszelkie skutki zaniżenia wartości udziałów organ w decyzji wywodzi z ich wyceny, która została dokonana dopiero w dniu 30.11.2021 r. przez biegłą I.M. Zatem w dacie wszczynania postępowania karno-skarbowego wartość wyceny udziałów nie była organowi znana, nie można było również stwierdzić zaniżenia ich wartości w ocenie organu, ponieważ teza taka była nie uprawniona. Co więcej w dacie tej organ nie sporządził również "Wyniku kontroli" (16.03.2022r.) czy "Protokołu kontroli dokumentów i ewidencji" (14.03.2022r.). Nie posiadał zatem wiedzy, ani podstaw do przyjęcia stanowiska, iż doszło do przestępstwa. Potwierdza to również "Postanowienie o wszczęciu śledztwa" z dnia 08.11.2019r., które nie przywołuje uzasadnienia okoliczności popełnienia przestępstwa. Dalej spółka podała, iż przeciwko takiemu wykorzystaniu w/w instytucji stanowczo zaprotestowano w uchwale Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 maja 2021r., sygn. akt IFPS 1/21, Dalej zaznaczono, iż uzasadnienie zaskarżonej decyzji nie zawiera okoliczności istotnych do oceny, czy powołanie się przez organ na art. 70 § 6 pkt 1 o.p. miało, czy też nie instrumentalny charakter. Motywy decyzji o wszczęciu postępowania karno-skarbowego nie zostały przez organ w jakikolwiek sposób uzasadnione i nie pozwalają na ocenę, czy wszczęcie postępowania karnoskarbowego nie służyło jedynie wstrzymaniu biegu terminu przedawnienia w tej sprawie. Organ wskazuje jedynie chronologię czynności oraz dalszych czynności po wszczęciu postępowania, które również wskazują na intencję organu. Czynności wykonywane w ramach postępowania karno-skarbowego dotyczyły jedynie gromadzeniu dokumentów w celu ich wykorzystania w postępowaniu podatkowym, a prokurator Prokuratury Rejonowej S. – [...] postanowieniem z dnia 29 października 2021 r. zawiesił śledztwo w sprawie, a w dniu 8 kwietnia 2025r. umorzył je . W zakresie treści art. 14 ust. 1 u.p.d.o.p. spółka wskazała, że organy podatkowe dokonując korekty przychodu wykazanego przez skarżącą obowiązane były wykazać brak uzasadnionej przyczyny zastosowania ceny badanej transakcji. Cena może odbiegać od wartości rynkowej, jeżeli istnieją ku temu uzasadnione przyczyny (np. spółka zmuszona jest do sprzedaży nieruchomości aby dokonać spłaty jakiegoś zobowiązania bądź podjąć nową, priorytetową inwestycję - a to oznacza, że może liczyć się z uzyskaniem niższej ceny). Również taką uzasadnioną przyczynę stanowiła sytuacja finansowa Z sp. z o.o., a także próby wieloletniej restrukturyzacji tej spółki, konieczność jej dekapitalizowania, finasowanie się spółki zobowiązaniami, czy też sytuacja prawna polegająca na istniejącym w Z sp. z o.o. układzie zbiorowym pracy i koniecznością uzgadniania wszelkich decyzji restrukturyzacyjnych z kilkoma związkami zawodowymi funkcjonującymi z zakładzie pracy. Spółka zarzuciła, iż organ nie dokonał jakiegokolwiek porównania wartości udziałów w spółce Z sp. z o.o. do wartości praw uczestnictwa w jakichkolwiek innych podmiotach gospodarczych, prowadzących działalność gospodarczą w zakresie produkcji i sprzedaży wyrobów cukierniczych. Nie uwzględnił również specyfiki podmiotowej tej spółki, poprzez ocenę jej sytuacji finansowej, która w sposób oczywisty ma wpływ na wartość praw udziałowych. Zwrócono uwagę na konieczność rozgraniczenia wartości przedsiębiorstwa od ceny ewentualnie zapłaconej przez przyszłego nabywcę. Jakkolwiek wycena przedsiębiorstwa stanowi punkt wyjścia, to jednak ostateczna cena sprzedaży zostaje ustalona w procesie negocjacji. Zdaniem skarżącej wycena wartości udziałów z Z sp. z o.o. przy zastosowaniu metody zdyskontowanych aktywów netto nie jest miarodajna, co więcej nie spełnia warunków ustalonych przez ustawodawcę w art. 14 ust. 2 u.p.d.o.p. Natomiast najbliższą wytycznych zawartych w normie art. 14 ust. 2 u.p.d.o.p. byłaby metoda mnożnikowa, która jako jedyna odnosi wartość przedsiębiorstwa do innych podmiotów. Tymczasem biegła w wycenie skupiła się na przeszacowaniu wartości składników majątkowych. Co istotne Z sp. z o.o. od 2016 r. znajduje się w stanie upadłości. Syndyk masy upadłości w roku 2018 wycenił całość przedsiębiorstwa (aktywów bez zobowiązań! na łączną kwotę 8.710.020 złotych. Przedsiębiorstwo nie zostało sprzedane. W tym kontekście zaznaczono, iż nieruchomość w J. została sprzedana dopiero w 2019r. za cenę 620.000 zł, która również odbiega od wartości ustalonej przez biegłą. Przeszacowanie zatem wartości nieruchomości w stosunku do ich wyceny jest znaczne i w cenach nominalnych wynosi 1.685.595 złotych, nie uwzględniając czynnika czasowego i wzrostu wartości nieruchomości pomiędzy datą ich wyceny a faktycznej sprzedaży. Odrzucenie przez organy obu instancji argumentacji dotyczącej złej sytuacji finansowej Z Sp. z o.o. oraz dowodów na jej poparcie stanowi wybiórczą i jednostronną ocenę sytuacji faktycznej i prawnej, która miała wpływ na wycenę udziałów, dokonaną przez biegłą oraz w konsekwencji bezkrytycznie przyjętą przez organ. Powyższe, według spółki, stanowi naruszenie zasad wyrażonych w treści art. 187 o.p., art. 191 o.p. oraz art.120 i 121 o.p., art. 122 o.p. i 124 o.p. W szczególności organ mimo dysponowania pełną dokumentacją źródłową i finansowo-księgową Z sp. z o.o., nie odniósł się do niej. W żadnym miejscu decyzji nie odniesiono się do strat ponoszonych w ramach działalności przez Z Sp. z o.o., co jawi się celowym zabiegiem. Zauważono, iż w latach 2010-2012 koszty działalności Z sp. z o.o. były większe od przychodów o kwotę 10.973.078,40 zł. W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie. Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje Kontrola aktów lub czynności z zakresu administracji publicznej dokonywana jest przez sąd administracyjny pod względem ich zgodności z prawem materialnym i przepisami procesowymi, nie zaś według kryteriów słuszności. Oznacza to, że kontrola ta sprowadza się do badania, czy organ administracji wydając zaskarżony akt nie naruszył prawa. W wyniku takiej kontroli decyzja lub postanowienie mogą zostać uchylone w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogłoby w istotny sposób wpłynąć na wynik sprawy, ewentualnie w razie wystąpienia okoliczności naruszających prawo i przez to mogących być podstawą wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2026 r., poz. 143, dalej: "p.p.s.a.") lub też wystąpiło naruszenie prawa będące podstawą stwierdzenia jej nieważności (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.). Stosownie zaś do treści art. 134 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Sąd nie może przy tym wydać orzeczenia na niekorzyść strony skarżącej, chyba że dopatrzy się naruszenia prawa skutkującego stwierdzeniem nieważności zaskarżonego aktu lub czynności. Skarga okazała się zasadna. W pierwszej kolejności Sąd odniesie się do zarzutu najdalej idącego, czyli do zarzutu przedawnienia. Zarzut ten ma bowiem kluczowe znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy. Stwierdzenie upływu terminu przedawnienia wiąże się z wygaśnięciem zobowiązania podatkowego, to zaś skutkować musi stwierdzeniem bezprzedmiotowości prowadzonego w sprawie postępowania, a w efekcie jego umorzeniem. Zasadą jest, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku (art. 70 § 1 o.p.). Zaskarżona decyzja obejmuje zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 rok. Termin płatności podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 r. upływał w 2014 r., zatem ustawowy termin przedawnienia tego zobowiązania przypadał na dzień 31 grudnia 2019 r. Z akt sprawy wynika, iż postanowieniem z 8 listopada 2019 r., sygn. akt [...] Naczelnik wszczął śledztwo w sprawie o przestępstwo skarbowe polegające na podaniu nieprawdy w złożonym w Pierwszym [...] Urzędzie Skarbowym w S. zeznaniu CIT-8 o wysokości osiągniętych przychodów (poniesionej straty) za 2013 r., poprzez zaniżenie przychodów z odpłatnego zbycia udziałów w Z Sp. z o.o. w O., czym narażono podatek dochodowy od osób prawnych za 2013 r. na uszczuplenie w kwocie nie mniejszej niż 2.551 419,00 zł, stanowiącej wielką wartość, tj. o przestępstwo skarbowe z art. 56 § 1 w związku z art. 37 § 1 pkt 1 i art. 38 § 2 k.k.s. Następnie pismem z dnia 18 listopada 2019r. (doręczonym skarżącej dnia 20 listopada 2019r., czyli przed upływem biegu terminu przedawnienia) zawiadomił spółkę w trybie art. 70c o.p. o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia spornego zobowiązania podatkowego w związku z wszczęciem postępowania karnego – skarbowego. Jednocześnie dnia 29 października 2021 r. prokurator Prokuratury Rejonowej S. – [...] wydał postanowienie o zawieszeniu śledztwa do czasu uzyskania prawomocnej decyzji w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 r. Zdaniem Sądu wbrew zarzutom zawartym w skardze, w sprawie nie doszło do naruszenia art. 70 § 1 pkt 6 o.p. poprzez wszczęcie postępowania karno-skarbowego w sposób instrumentalny. Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z 24 maja 2021 roku, sygn. akt I FPS 1/21 wskazał m.in., że interpretacja zakresu uprawnień sądów administracyjnych uprawniająca sąd do weryfikacji, czy w okolicznościach konkretnej sprawy podatkowej nie doszło do instrumentalnego wykorzystania art. 70 § 6 pkt 1 o.p. ma swoje źródło w okolicznościach faktycznych spraw kontrolowanych przez te sądy. Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że sąd administracyjny może kontrolować, czy nie doszło do instrumentalnego wykorzystywania art. 70 § 6 pkt 1 o.p. ze względu na wszystkie okoliczności sprawy podatkowej, a w szczególności w sytuacji, gdy wykorzystanie tego przepisu związane jest z naruszeniem zasady zaufania do organów podatkowych (art. 121 o.p.), czy wywodzonej z prawa unijnego oraz art. 2 Konstytucji RP zasady uzasadnionych oczekiwań. W realiach rozpoznanej sprawy wszczęcie postępowania karnego – skarbowego miało miejsce w dniu 8 listopada 2019r., a zatem na prawie 2 miesiące przed upływem biegu terminu przedawnienia zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 203 rok. Co istotne, w trakcie śledztwa wydano postanowienie żądania wydania rzeczy. W dniu 17 czerwca 2021 r. dokonano przeszukania u syndyka masy upadłościowej Z Sp. z o.o. w O. Dwa dni wcześniej, tj. 15 czerwca 2021 r. przeprowadzono także przesłuchanie syndyka. Wszczęcie postepowania karno-skarbowego zostało skorelowane z wydanym w dniu 16 marca 2022r. wynikiem kontroli oraz wcześniej poprzez wydanie opinii biegłego, które to dokumenty potwierdziły uzasadnione podejrzenie popełnienia przestępstwa. Żadna z powyższych okoliczności nie wskazuje, aby organy instrumentalnie, z naruszeniem zasady zaufania do organów podatkowych, wszczęły postępowanie karnoskarbowe wyłącznie w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienie zobowiązania podatkowego. Pomimo tego, że w sprawie nie doszło do instrumentalnego wszczęcia postępowania karnoskarbowego zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji należało uchylić. Sąd stwierdza, iż organ podatkowy w sposób sztuczny kontynuował dochodzenie wyłącznie w celu przedłużenia zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Sąd podziela pogląd prezentowany przez niektóre sądy administracyjne, że prawidłowa wykładnia art. 70 § 7 pkt 1 o.p. w związku z art. 70c o.p. in fine, oparta o zasadę prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organu podatkowego, wymaga jego zastosowania we właściwym czasie, a więc zakończenia postępowania karnoskarbowego niezwłocznie po przedawnieniu karalności czynu (wyroki: NSA z 14 czerwca 2023 r., sygn. akt II FSK 126/23, WSA w Warszawie z 18 listopada 2021 r., sygn. akt III SA/Wa 455/21, z 7 czerwca 2022 r., sygn. akt III SA/Wa 1250/21, z 7 października 2022 r., sygn. akt III SA/Wa 72/22, z 22 marca 2023 r., sygn. akt III SA/Wa 2607/22, z 27 kwietnia 2023 r., sygn. akt III SA/Wa 1909/22, z 20 marca 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 2457/21, z 16 października 2024 r., sygn. akt III SA/Wa1590/24, WSA w Gliwicach z 22 kwietnia 2024 r., sygn. akt I SA/Gl 492/23). Powyższy pogląd został zaprezentowany również w wyroku WSA w Gorzowie Wielkopolskim z dnia 3 kwietnia 2025r. sygn. akt I SA/Go 51/25. W orzeczeniach tych argumentuje się, że zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego musi być powiązane z rzeczywistym tokiem postępowania karnoskarbowego, a nie z postępowaniami, które pozostają w toku jedynie formalnie, pozornie, gdy powinny być już wcześniej zakończone (umorzone) albo w ogóle nie powinny być wszczynane z uwagi na przeszkody podmiotowe lub przedmiotowe. Z perspektywy zasady (art. 121 § 1 o.p.) prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, niedopuszczalną jest sytuacja, w której prawomocne zakończenie postępowania karnoskarbowego (poprzez umorzenie go z powodu przedawnienia karalności czynu) jest odwlekane w czasie tylko po to, aby organowi podatkowemu stworzyć formalne warunki do merytorycznego orzekania w sprawie. Sąd stwierdza, iż argumenty użyte w uzasadnieniu uchwały NSA sygn. I FPS 1/21 są adekwatne dla wyjaśnienia konieczności kontroli przez sądy administracyjne sztucznego, instrumentalnego przedłużania postępowania karnoskarbowego. Ocena przesłanek zastosowania art. 70 § 6 pkt 1 o.p. przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej, mieszcząca się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji, obejmuje cały okres trwania zawieszenia biegu terminu przedawnienia, a więc także ocenę czy i kiedy zaistniały przesłanki do zakończenia okresu zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Z uzasadnienia przytoczonej uchwały NSA z 24 maja 2021 r., sygn. I FPS 1/21 wynika wprost, że sąd administracyjny ma obowiązek badać nie tylko czy proceduralna czynność wszczęcia postępowania karnoskarbowego w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie została wykorzystana instrumentalnie, tylko w celu nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia. W ocenie Sądu, powyższy obowiązek dotyczy również oceny czy dalsze trwanie postępowania karnoskarbowego nie zostaje wykorzystane instrumentalnie, tylko w celu utrzymywania biegu terminu przedawnienia w stanie sztucznego, pozornego zawieszenia. Taki wniosek może potwierdzić fakt prowadzenia postępowania karnoskarbowego w sytuacji oczywistego odpadnięcia przyczyn podmiotowych lub przedmiotowych (por. art. 1 k.k.s.) lub pojawienia się negatywnych przesłanek procesowych wymienionych w art. 17 § 1 ustawy z dnia 6 czerwca 1997r. - Kodeks postępowania karnego (t.j. Dz. U. z 2026r., poz. 490 ze zm., dalej: k.p.k.). Chodzi o sytuację, gdy w toku postępowania karnoskarbowego stanie się jasne, że cele postępowania karnoskarbowego nie będą mogły być zrealizowane. W tym miejscu należy zauważyć, że o ile przesądzenie o instrumentalności samego wszczęcia postępowania karnoskarbowego powoduje konieczność uznania, że nie występuje skutek w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia wynikający z art. 70 § 6 pkt 1 o.p., o tyle przesądzenie o instrumentalności prowadzenia od określonego dnia postępowania karnoskarbowego w sposób instrumentalny (z naruszeniem art. 70 § 7 pkt 1 o.p. w związku z art. 70c o.p. in fine poprzez ich niezastosowanie w celach instrumentalnych) powoduje konieczność uznania, że skutek w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia wynikający z art. 70 § 6 pkt 1 o.p. zostaje ograniczony w czasie w sposób eliminujący instrumentalność prowadzenia postępowania. W tym celu niezbędne jest ustalenie, w jakim dniu winno nastąpić prawomocne zakończenie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe i w konsekwencji przyjęcie – dla potrzeb stosowania art. 70 § 6 pkt 1 o.p. – że od dnia następującego po tym dniu, bieg terminu przedawnienia rozpoczął się albo biegł dalej stosownie do art. 70 §7 pkt 1 o.p. (mimo że w rzeczywistości postępowanie, wskutek jego instrumentalnego wydłużenia, dalej było prowadzone). Przypomnieć również należy, że stosownie do art. 9 § 1 k.p.k. organy procesowe prowadzą postępowanie i dokonują czynności z urzędu, chyba że ustawa uzależnia je od wniosku określonej osoby, instytucji lub organu albo od zezwolenia władzy. Z kolei art. 2 § 1 pkt 4 k.p.k. stanowi, że przepisy kodeksu mają na celu takie ukształtowanie postępowania karnego, aby rozstrzygnięcie sprawy nastąpiło w rozsądnym terminie. W realiach rozpoznanej sprawy postanowieniem z 7 kwietnia 2025 r., sygn. akt [...] Prokurator Prokuratury Rejonowej podjął zawieszone śledztwo, natomiast dnia 8 kwietnia 2025r. Prokurator wydał postanowienie sygn. akt [...] o umorzeniu śledztwa. Przy czym z treści postanowienia z dnia 8 kwietnia 2025r. wynika, iż w istocie podstawa do umorzenia śledztwa z powodu przedawnienia karalności czynu zabronionego zaistniała z upływem 31 grudnia 2024r. Przewlekając wydanie postanowienia o umorzeniu postępowania karnego-skarbowego doszło w istocie do nieuprawnionego wydłużenia terminu przedawnienia zobowiązania. Ponownie należy podkreślić, iż z dniem 3 grudnia 2024r. nastąpiło przedawnienie karalności czynu zabronionego, jednak śledztwo było nadal zawieszone aż do dnia 7 kwietnia 2025r. Takie wydłużenie śledztwa pozwoliło na wydanie i doręczenie zaskarżonej decyzji DIAS z dnia 29 maja 2025r. W tej sytuacji przyjąć należało, że mimo obowiązku umorzenia śledztwa z urzędu niezwłocznie po upływie przedawnieniu karalności czynu zabronionego, w sposób sztuczny, instrumentalny przedłużono postępowanie karnoskarbowe. Z uwagi na nie wydanie w rozsądnym czasie postanowienia o umorzeniu śledztwa należy uznać, że termin przedawnienia zobowiązania podatkowego biegł dalej po dniu 31 grudnia 2024 r. Po tej dacie nie można było już mieć wątpliwości, że dochodzenie nie zmierzało (bo nie mogło) do realizacji celów postępowania karnoskarbowego, lecz było sztucznie utrzymywane dla realizacji celów postępowania podatkowego, tj. dokonania weryfikacji i zmiany rozliczeń skarżącej. Potwierdzeniem powyższej tezy jest fakt, iż wszczęte ad rem śledztwo zostało zawieszone z dniem 29 października 2021r., a do dnia jego umorzenia, co miało miejsce w dniu 8 kwietnia 2025r., nie dokonano w ramach śledztwa żadnych czynności. Co istotnie śledztwo to nigdy nie przeszło w fazę ad personam. Powyższe okoliczności wskazują, że w sprawie doszło do wykorzystania art. 70 § 7 pkt 1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 o.p. z nadużyciem prawa i naruszeniem zasady zaufania do organów podatkowych (art. 121 o.p.). W rezultacie upływ biegu terminu przedawnienia zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013r. nastąpił w niniejszej sprawie z dniem 20 lutego 2024r. Zatem wydanie nadanie postanowieniem Pierwszego [...] Urzędu Skarbowego w W. z 13 maja 2025 r., znak; [....] decyzji Naczelnika z dnia 20 grudnia 2024 r. rygoru natychmiastowej wykonalności i jego doręczenie dnia 28 maja 2025 r. nie wywołało żadnego skutku w zakresie zawieszenie biegu terminu spornego przedawnienia, W konsekwencji Sąd na zasadzie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. uchylił zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji. O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 p.p.s.a. zasądzając od organu na rzecz strony skarżącej kwotę obejmującą uiszczony wpis sądowy (4323 zł), kwotę 10800 zł na podstawie § 14 ust. 1 pkt 1 lit. a w zw. z § 2 pkt 7 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (t.j. Dz. U. z 2018r., poz. 265) oraz kwotę 17 zł tytułem opłaty skarbowej od pełnomocnictwa.